Московский конный завод изначально был задуман как племенное хозяйство, разводящее отечественную породу – орловского рысака близи и под патронажем научно-исследовательских и практически-прикладных центров коневодства России. Одной из основных задач отрасли начала XX века была – улучшение массовой крестьянской рабочепользовательной лошади, для которой орловский рысак явился наиболее подходящей кандидатурой как порода, выведенная в условиях и для условий российского континентального климата, неприхотливая, обладающая оптимальными габаритными и рабочими показателями, а также как породная, красивая и беговая спортивная лошадь. Постепенно задача улучшения отошла на второй план в связи с развитием общей механизации страны, и более важным стало сохранение и развитие уникальной отечественной породы для племенных и спортивных целей.

За годы первой мировой и гражданской войн состояние коневодства в России резко ухудшилось. Мобилизация лучшей части поголовья для нужд армии, ухудшение кормления и ухода при возросшем объёме работ отрицательно сказались на качестве конского поголовья.

Во время Великой Октябрьской революции племенные лошади частных конных заводов были разобраны крестьянами, происхождение многих лошадей утеряно.

Декрет Совета Народных Комиссаров от23 июля 1918 г. «О племенном животноводстве», подписанный В.И.Лениным, объявил всех племенных животных нетрудовых хозяйств без всякого выкупа общенародным достоянием РСФСР и лёг в основу организации всей племенной работы по животноводству и коневодству. С этого времени началась работа по организации конных заводов в ведении местных сельскохозяйственных органов и Наркомзема РСФСР. В большей степени сохранилось поголовье лошадей, находившееся на ипподромах, и этим облегчённого типа поголовьем и были, в основном, укомплектованы государственные и местные конные заводы.

Ко времени образования Московского конного завода были сомнения в возможности сохранения орловской породы в прежнем виде, поскольку «породистых и дельных орловцев едва ли сохранилось две-три сотни.

На основании приказа Народного комиссариата земледелия от 24 октября 1924 был образован Московский конный завод, который сразу был призван восстанавливать и совершенствовать орловскую рысистую породу, а кроме того, стал базовым предприятием Научно-исследовательского института коневодства.